Pelėsio naikinimas dažnai pradedamas nuo matomo pelėsio pašalinimo nuo paviršių. Tačiau vien tik kosmetinis valymas retai išsprendžia problemą ilgam laikui. Jei patalpose išlieka tos pačios sąlygos – drėgmė, kondensatas ir silpna oro cirkuliacija – pelėsis dažniausiai atsiranda iš naujo.
Efektyvus sprendimas dažniausiai susideda iš dviejų etapų: pirmiausia pašalinamas matomas pelėsis, o tada nustatoma ir pašalinama jo atsiradimo priežastis.
Tokiais atvejais svarbu įvertinti patalpų mikroklimatą, drėgmės lygį ir oro cirkuliaciją. Tik stabilizavus šiuos veiksnius galima sumažinti pelėsio atsiradimo riziką ateityje.